变态杀人魔，是天性如此，抑或后天使然？一系列连环命案，死者脑袋都被人用利斧移除，警方束手无策之际，却逐渐发现年轻律师成为疑犯新目标，偏偏他却将被袭掩饰为普通遇劫。兼具美貌与智慧的罪案分析专员锲而不舍，

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间

安娜在床上醒来，脑袋因为前一夜的狂欢有些昏沉疼痛。她打开手机，发现新增一款名为“伊丽丝”(IRIS) 的神秘互动APP；它将好姊妹出轨的证据偷拍下来，还将不雅照、私密影片和讯息散布至脸书，监控她的生活

以利亚凯恩是在一个新的政府任务承诺，美国中央情报局提供有关谁提出了一个打在他以前的球队。凯恩和新团队必须移除一个高水平的黑帮老大参与偷渡但在调查中发现一个更大的阴谋贩卖器官。